O feminino da palavra capitão pode ser a capitã ou a capitoa. A palavra capitã é a preferida dos falantes, sendo a mais utilizada para indicar uma mulher que comanda, que chefia. A palavra capitoa se encontra cada vez mais em desuso, aparecendo em dicionários com significado de mulher do capitão.

Exemplos:
As capitãs das equipes estão se reunindo antes do jogo.
A decisão foi tomada pela capitã do esquadrão.
Após anos de liderança, a menina desistiu do seu lugar de capitã.

Na língua portuguesa existem dois gêneros gramaticais: o masculino e o feminino. A principal regra de formação do feminino é a substituição da vogal o átona final nas palavras no masculino pela vogal a, indicando assim sua forma feminina.

Contudo, esta regra não se aplica aos substantivos acabados em –ão, como capitão. Existem regras específicas para a formação do feminino dos substantivos acabados em –ão.

Em alguns se muda o –ão para –ã para formar o feminino.
Exemplos: cidadão/cidadã; anão/anã;…
Esta é a regra de formação da palavra capitã.

Em alguns se muda o –ão para –oa para formar o feminino.
Exemplos: pavão/pavoa; patrão/patroa;…
Esta é a regra de formação da palavra capitoa, que é correta mas que se encontra cada vez mais em desuso.

É de notar que a palavra capitão é uma palavra maioritariamente utilizada no masculino nos meios militares por se referir a uma profissão exercida durante muitos anos apenas por homens. Atualmente, devido ao aumento de mulheres na profissão, passou a ser comum a diferenciação dos gêneros no artigo definido a ou o: o capitão/ a capitão. Embora esta forma seja muito usada no meio militar, a palavra capitão não é um substantivo comum de dois gêneros, sendo assim errada a utilização de a capitão numa linguagem corrente.